Fungairiño investigó numerosas causas sobre el terrorismo de ETA.
Entre los sumarios en los que intervino destacan los del atentado de Hipercor en Barcelona; el asesinato del comandante Ynestrillas; el atentado frustrado contra el presidente del Tribunal Supremo Antonio Hernández Gil; el ocurrido en la calle Príncipe de Vergara, o el de la plaza de República Dominicana
En 1990 fue objeto de un atentado con paquete bomba que le remitió la banda terrorista ETA aunque la policía logró desactivarlo antes.
La Fiscalía General ha lamentado la pérdida de "quien fuera Fiscal jefe de la Audiencia Nacional y Fiscal del Tribunal Supremo, y quiere trasladar su pésame a la familia, amigos y compañeros".