Las normas impugnadas del Acuerdo comunicaban a las entidades colaboradoras que no recibieran nuevos migrantes con cargo a dicha Comunidad Autónoma, salvo conformidad o autorización expresa previa de ésta, e instaban al Estado a que hicieran efectivo un protocolo de actuación para la recogida y entrega de migrantes, en particular respecto de los menores extranjeros no acompañados, designando a la consejería competente para el seguimiento del Acuerdo. Por su parte, en la resolución de la Dirección General se aprobaba un protocolo territorial de recepción de menores extranjeros migrantes no acompañados, limitado a dicha Comunidad Autónoma y de carácter vinculante.
El escrito de impugnación del Gobierno argumentaba que tales disposiciones eran contrarias al derecho a la dignidad y el libre desarrollo de la personalidad del ser humano (art. 10 CE), y del derecho fundamental a la vida y a la integridad física y moral de las personas (art. 15 CE).
Asimismo, se reprochaba a los órganos competentes de la Comunidad Autónoma de Canarias, de un lado la dejación de su competencia exclusiva en materia de menores y de migración, previstas respectivamente en los arts. 147 y 144 de su Estatuto de Autonomía; y de otro lado la invasión de la competencia exclusiva del Estado en materia de extranjería (art. 149.1.2 CE) y de legislación civil (art. 149.1.8 CE).